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En septiembre de 1978, inicio el Departamento de Ingeniería y Química, con el propósito de cubrir el campo profesional correspondiente a las actividades químicas y satisfacer las necesidades de profesionales en el Estado de Tlaxcala, en la industria petroquímica, automotriz, alimentos, tratamientos de aguas, contaminación, farmacéuticos, así como la investigación científica. 

Se creó un plan de estudios distribuidos en 10 semestres, siendo los cuatro primeros comunes, y del quinto al décimo semestre se derivan las especialidades: Química Industrial e Ingeniería Química. El día 13 de diciembre de 1984 es aprobado por el H. Consejo Universitario, el plan de estudios para dos licenciaturas: Ingeniería Química y Química Industrial. Con el impulso que se da a la industria en el estado, surge la necesidad de ampliar el campo de enseñanza dentro del Departamento, dando inicio una nueva etapa en él. El 30 de agosto de 1985 fué autorizado por el H. Consejo Universitario, los planes y programas de estudio de otras dos licenciaturas, Ingeniería Mecánica e Ingeniería en Computación, iniciando sus actividades académicas en el mes de septiembre del mismo año.

El 30 de julio de 1987 fue aprobado por el H. Consejo Universitario, la Licenciatura en Matemáticas Aplicadas. Por aprobación del H. Consejo se cambia la denominación del Departamento de Ingeniería y Tecnología por el de Departamento de Ciencias Básicas, Ingeniería y Tecnología. En junio 1995, el H. Consejo Universitario aprueba la Maestría en Ingeniería Química, e inicia sus actividades docentes con 12 estudiantes. En 1996 el H. Consejo Universitario toma la decisión de aprobar dos Maestrías: Ciencias de la Calidad y Ciencias en Ingeniería en Computación, con el fin de ofrecer educación superior a nivel posgrado y fomentar la formación de investigadores en las áreas de las ciencias químicas y computacionales 

Para el ciclo escolar 1998-1999 la Facultad cuenta con mas de 1000 alumnos de los cuales el 95% corresponden al nivel licenciatura, y 5% al de posgrado. En 1999 el H. Consejo Universitario aprueba la creacion de la licenciatura de Ingenieria en Sistemas Electronicos. En 2005 el H. Consejo Universitario aprueba el cambio de denominacion de Departamento de Ciencias Basicas, Ingenieria y Tecnologia por Facultad de Ciencias Basicas, Ingenieria y Tecnologia. En 2009 el H. Consejo Universitario aprueba la creacion del Doctorado en Ciencias en Ingenieria Quimica. Actualmente se imparten en esta Facultad 6 programas Educativos de Licenciatura, 3 de Maestria y 1 de doctorado.